Fonksiyon Analizi – Ödev Hazırlatma – Proje Yaptırma – Tez Yaptırma Fiyatları – Sunum Örnekleri – Ücretli Ödev Yaptırma – Ödev Yaptırma Ücretleri
Benzerlik Araçları
İki dizi arasındaki benzerliğin derecesi, yüzde dizi özdeşliği ve/veya korunumuna dayalı olabilir. BLAST’ta—Temel Yerel Hizalama Arama Aracı benzerliği, pozitif bir matris puanını ifade eder. Bir homoloji sınıfı, üyelerinin ortak bir atadan evrimleştiği sonucuna varılan bir sınıftır.
BLAST girdi dosyası, Blast Search Format formunda açıklandığı gibi, FASTA formatında bir sekans, sekans verisi satırları veya NCBI sekans tanımlayıcıları olabilir. BLAST, yalnızca izole edilmiş benzerlik bölgelerini paylaşan diziler arasındaki ilişkileri tespit etmek için yerel hizalama bölgelerini vurgular.
Sonuçlar (birçok format mevcuttur) tarayıcı kullanılarak görülebilir veya kullanıcıya e-posta ile gönderilebilir. BLAST algoritması hem lokal hem de global dizilimleri tespit edebildiğinden, ilgisiz proteinlerdeki benzerlik bölgeleri tespit edilebilir, öyle ki benzerliklerin keşfi, karakterize edilmemiş proteinlerin işlevine ilişkin önemli ipuçları sağlayabilir.
FASTA, bir protein sekansı arasında başka bir protein sekansına veya bir protein veri tabanına veya bir DNA sekansı ile başka bir DNA sekansına veya bir DNA kütüphanesine sekans benzerliği ve homoloji araması sağlar.
Özellikle çok farklı diziler için, düşük benzerliğe sahip uzun bölgeleri tanımlarken çok spesifik olabilir. FASTA paketinin Sürüm 3.x’i, geleneksel tek işlemcili bilgisayarlarda veya çok işlemcili bilgisayarlarda paralel olarak çalışabilen modüler bir dizi karşılaştırma programları sağlar.
BLAST ve FASTA, hızlı oldukları için veritabanı araması için kullanılır. Benzer dizileri keşfetmek için biraz farklı yaklaşımlar kullanırlar, ancak her ikisi de arama hızını artırmak için arama işlemi sırasında iyileştirmeler yapar.
Fonksiyon Analizi
InterProScan, farklı protein imza tanıma yöntemlerini tek bir kaynakta birleştiren bir araçtır. İmza veritabanlarının sayısı ve bunlarla ilişkili tarama araçlarının yanı sıra daha fazla iyileştirme prosedürleri, sorunun karmaşıklığını artırır. InterProScan, veritabanlarından ve program çıktılarından önemli miktarda veri araması gerçekleştirir.
Bu Web aracı, tek veya çoklu dosyalarda protein dizilerinin girilmesine izin verir. Protein dizi(ler)i için girdi dosyası formatı serbest metin, F AST A veya UniProt’tur; nükleotit dizisi için GenBank formatı da kabul edilmektedir.
GeneQuiz, çeşitli arama ve analiz yöntemleri ile güncel protein ve DNA veritabanlarını kullanarak bir protein dizisinden biyokimyasal bir fonksiyona giden büyük ölçekli biyolojik dizi analizi için entegre bir sistemdir.
Girdi dosyası FAST A biçiminde olmalıdır; günde yüklenebilecek maksimum dizi sayısı 12’dir ve maksimum amino asit sayısı 18.000’dir. GeneQuiz, BLAST ve FAST A dahil olmak üzere bir dizi dizi analiz aracını otomatik olarak çalıştırır. Sonuçlar, yapılandırılmış metin olarak görüntülenir. Sunucu, biyolojik araştırma topluluğuna ücretsiz olarak sağlanır.
Fonksiyon analizi Mimari
Kompleks Analiz : Analitik Fonksiyonlar
Analitik fonksiyon örnekleri
STING Millennium Suite, PDB verileri için moleküler dizi ve yapının görselleştirilmesini ve analizini sağlayan Web tabanlı bir program ve veri tabanı paketidir. SMS, büyük bir veri koleksiyonuyla (PDB, HSSP, Prosite) çalışır. STING Millennium hem didaktik hem de araştırma aracıdır. Arayüz kullanıcı dostudur ve makromoleküler çalışmalar için birçok seçenek mevcuttur.
Uzman Protein Analiz Sistemi, Swiss-Prot ve TrEMBL, Swiss-2Dpage, PROSITE, ENZYME ve Swiss-Model deposu dahil olmak üzere, proteinlere ve proteomiklere adanmış çeşitli veritabanlarına ve analitik araçlara erişim sağlar.
Ayrıca Swiss-Prot, TrEMBL ve PIR analiz araçlarının birleştirilmesiyle oluşturulan protein bilgilerinin bir kataloğu, merkezi bir protein dizisi ve işlevi deposu olan UniPRot (Evrensel Protein Kaynağı) da bulunmaktadır. Diğer araçlar da ExPaSy’de mevcuttur: model ve profil aramaları; topoloji tahmini; birincil, ikincil ve üçüncül yapı analizi; dizi hizalaması; ve diğerleri.
PSORT, bir hücredeki protein bölgeleri için tahminler yapan, belirli bir protein dizisini amino asit bileşimi, bilinen lokalizasyona sahip proteinlere benzerlik, bir sinyal peptidinin varlığı, transmembran alfa sarmalları ve motifler açısından inceleyen bir dizi hesaplama yöntemidir. belirli yerelleştirmelere karşılık gelir.
Yakın zamanda Linux platformları için PSORT-B’nin bir sürümü yayınlandı. Bakteri/bitki dizileri için PSORT önerilir, ancak PSORT-B şu anda yalnızca Gram-negatif bakterilerden alınan protein dizilerini kabul etmektedir. Girdi dosyası formatı FAST A’dır ve çıktı formatı kullanıcı tarafından PSORT belgelerinde açıklanan formatlar arasından seçilebilir.
RNA Analizi
RNAsoft program paketi, bir çift DNA veya RNA molekülünün ikincil yapısını tahmin etmek, DNA ve RNA moleküllerinin kombinatoryal etiket setlerinin istenmeyen ikincil yapıya sahip olmadığını test etmek ve belirli bir giriş ikincil yapısına katlanan RNA şeritlerini tasarlamak için araçlar sağlar.
Araçlar, RNA ikincil yapı oluşumunun standart termodinamik modellerine dayanmaktadır ve moleküler yapıların tasarımının yanı sıra tahmin için de kullanılabilir. RNAsoft çevrimiçi erişimi ücretsiz olarak mevcuttur; ancak, sunucu sınırlarını aşırı yüklememek için giriş verilerinin boyutuna bazı kısıtlamalar getirilmiştir.
Viyana RNA paketi, taşınabilir bir ISO C kod kitaplığından ve RNA ikincil yapılarının tahmini ve karşılaştırılması için çeşitli programlardan oluşur.
Bu araç, RNAfold programına bir Web arayüzüne sahiptir ve tek sarmallı RNA veya DNA dizilerinin ikincil yapılarını tahmin edebilir. Giriş dosyası, A, U, G ve C’den oluşan bir harf dizisidir. Sonuç sayfası, kullanıcı tarafından istenirse, optimum yapıyı, optimum yapının enerjisini ve topluluk serbest enerjisini gösterir.
Gen ifadesinin ve diğer genomik verilerin kümelenmesi, analizi ve görselleştirilmesi için bir dizi araç Expression Profiler—EP’de bulunabilir. Ayrıca EP, gen ontolojisi kategorilerinin aranmasına, dizi logolarının oluşturulmasına, düzenleyici dizilerin çıkarılmasına ve protein etkileşimlerinin incelenmesine izin verir. Ayrıca analiz sonuçlarını harici araçlara ve veritabanlarına bağlar.
ESTAnnotator, bir biyoinformatik yöntemler koleksiyonunu otomatik olarak çalıştırarak, ifade edilen dizi etiketlerinin (EST’ler) verim ek açıklamalarına yönelik bir araçtır.
Esas olarak dört adım vardır: tekrarlanan bir kalite kontrolü gerçekleştirilir, düşük kaliteli diziler maskelenir, ardışık veritabanı arama ve EST kümeleme adımları gerçekleştirilir, mRNA ve genomik DNA referans veritabanlarında bulunan halihazırda bilinen transkriptler tanımlanır ve son olarak, anonim EST’lerin kümelenmesi ve protein düzeyinde daha fazla veri tabanı araştırması için araçlar uygulanır.
Çıktılar, tanımlayıcı bir özet halinde sunulur. ESTAnnotator, kıkırdak/kemik oluşumu, büyüme, farklılaşma ve homeostaz ile ilgili yeni insan genlerinin sistematik olarak tanımlanmasına ve karakterizasyonuna başarıyla uygulandı.
Analitik fonksiyon örnekleri Fonksiyon analizi Mimari Kompleks Analiz : Analitik Fonksiyonlar