Veri Analizi için Web Araçları – Ödev Hazırlatma – Proje Yaptırma – Tez Yaptırma Fiyatları – Sunum Örnekleri – Ücretli Ödev Yaptırma – Ödev Yaptırma Ücretleri
Veri Analizi için Web Araçları
Biyoinformatik, biyolojiden kaynaklanan problemlerin bilgisayar bilimlerinden gelen yöntemlerle çözülmesi anlamına gelir. Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, biyoenformatiği farklı şekillerde tanımlanır.
Biyoinformatikte birçok alt alan vardır: veri karşılaştırması, veri analizi, DNA montajı, protein yapısı tahmini, veri görselleştirme, protein hizalaması, filogenetik analiz, ilaç tasarımı ve diğerleri.
Biyolojik veriler (diziler ve yapılar) doğal olarak çok büyüktür. Ayrıca moleküler biyoloji alanındaki yoğun araştırmalar nedeniyle biyolojik veri tabanlarındaki kayıt sayısı her geçen yıl artmaktadır. Bu ezici miktarda verinin analizi, bu verileri verimli bir şekilde yönetmek için akıllı biyoinformatik araçlar gerektirir.
Son yirmi yılda dünya, insanlığa eşi benzeri görülmemiş yeni bir iletişim ortamı sağlayan teknolojik bir evrime tanık oldu. World Wide Web aracılığıyla, her türden bilgi tüm dünyaya yayıldı. Başından beri, biyoenformatik araştırmaları, sağladığı hızlı bilgi yayılımı nedeniyle, esasen ücretsiz olarak, öncelikle interneti kullandı.
Bu makale, bazı biyoinformatik Web araçlarını tartışmayı amaçlamaktadır, ancak Web’in hızlanan büyümesi ve URL’lerin istikrarsızlığı (Tekdüzen Kaynak Konum Belirleyicileri) dikkate alındığında, geçerli URL’yi belirlemek için bir İnternet arama motoru kullanılmalıdır.
Canlı organizmalar, biyolojik işlev ve yapının temel kalıtsal birimleri olan genler adı verilen varlıklara sahiptir. Bir organizma, genlerini ebeveynlerinden alır ve kendi genlerini yavrularına aktarır.
Moleküler biyologlar, 20. yüzyılın sonlarında genin DNA’dan (deoksiribonükleik asit) yapıldığını, yani DNA’nın tüm türlerin kalıtım materyali olduğunu belirlediler. 50 yılı aşkın bir süre önce, DNA’nın çift sarmal yapısını keşfettiler ve bu özel formun DNA’nın işlevi için temel olduğu sonucuna vardılar.
DNA çift sarmalının her bir sarmalı, nükleotit adı verilen dört elementten oluşan bir polimerdir (küçük basit moleküllerden oluşan bir bileşik): A, T, C ve G (adenin, timin, sitozin ve guanin için).
DNA’nın iki sarmalı tamamlayıcıdır: bir sarmalda bir T bulunduğunda, diğer sarmalda karşılık gelen konumu bir A işgal eder; bir iplikçikte bir G olduğunda, diğerinde karşılık gelen pozisyonu bir C işgal eder. Nükleotid dizisi, diğer tüm hücresel bileşenleri oluşturmak için “talimatları” kodlar ve replikasyon adı verilen bir süreçte aynı ikinci sarmalın üretimi için bir şablon sağlar.
Bir bilgisayar bilimcinin bakış açısından DNA, bilgi depolama ve bir iletim sistemidir. Bilgisayarlarda kullanılan {0,1} ikili alfabesi gibi, DNA alfabesi {A, T, C, G}, uzun diziler halinde kodlandığında gelişigüzel karmaşıklıktaki mesajları kodlayabilir.
Genetik bilginin çözülmesi, DNA’nın belirli bölgelerinden kopyalanan aracı RNA (ribonükleik asit) molekülleri aracılığıyla gerçekleştirilir. RNA molekülleri timin yerine urasil (U) bazını kullanır. RNA daha sonra 20 farklı basit amino asitten oluşan bir zincir olan bir proteine çevrilir.
Her ardışık DNA elemanı üçlüsü, bir protein zincirindeki bir amino asidi belirtir. Protein zinciri bir kez sentezlendikten sonra kimya/fizik yasalarına göre amino asitlerinin özelliklerine ve sırasına göre belirli bir şekle katlanır.
Bir proteinin yapıları hiyerarşik olarak incelenebilir: birincil (doğrusal amino asit dizisi), ikincil (şeritler gibi iyi belirlenmiş düzenli şekle sahip yerel dizi elemanları), üçüncül (ikincil yapıların bir veya birkaçına paketlenmesiyle oluşturulur) kompakt küresel birimler) ve kuaterner (üçüncül yapıların kombinasyonu).
Web 2.0 araçlarının Eğitimde Kullanımı
Web 2.0 araçları nedir
Web 2 araçları Örnekleri
öğretmenler için web 2.0 araçları.
Web 2.0 araçları
Web 2.0 araçları Kahoot
Web 2.0 Araçları Uzman Öğretmenlik
Web 3.0 araçları
Dizi Analizi
Benzer dizilere sahip proteinler benzer üç boyutlu yapılara ve işlevlere sahip olma eğiliminde olduklarından, proteinlerin dizisi ve yapısı arasında bilinen bir ilişki vardır. Sekans hizalama yöntemleri, sekansı henüz belirlenmiş yeni bir proteinin yapısını (veya fonksiyonunu) tahmin etmek gerektiğinde faydalıdır.
Bu nedenle hizalama, iki (veya daha fazla) diziyi karşılaştırmak için güçlü bir araç sağlar ve ortak bir evrimsel kökeni yansıtabilir. ClustalW, DNA veya proteinler için genel amaçlı bir çoklu dizi hizalama programıdır.
ClustalW şu anda ClustalW Hizmetleri Yardım Menüsünde ayrıntılı olarak açıklanan (örnekler dahil) yedi çoklu dizi biçimini desteklemektedir: NBRF/PIR, EMBL/SwissProt, FASTA, GDE, ALN/ClustalW, GCG/MSF ve RSF. Farklı dizilerin biyolojik olarak anlamlı çoklu dizi hizalamalarını üretir ve bireysel ağırlıkları, PAM veya Blosum gibi amino asit ikame matrislerini ve boşluk cezalarını dikkate alarak seçilen diziler için en iyi eşleşmeyi hesaplar.
Kimliklerden sonra benzerlikler ve farklılıklar görülebilir. ClustalW, Web tabanlı bir araç olarak veya indirmek için İnternette ücretsiz olarak mevcuttur.
Başka bir araç olan T-Coffee, %30’dan daha az özdeşliğe sahip diziler için ClustalW’den daha doğrudur, ancak çok daha yavaştır. T-Coffee girişi, FAST A formatında 3 ila 30 diziye (veya 10.000 karaktere) sahip olmalıdır. Gönderim formu basittir, ancak kullanıcı tarafından seçilen seçeneklere izin vermez.
Cinema—Colour INteractive Editor for Multiple Alignments, hem protein hem de DNA dizilerinin görselleştirilmesine ve manipülasyonuna izin veren bir dizi hizalama programıdır.
Çoğu platformda çalışan, yerel olarak yüklenmiş eksiksiz bir Java paketidir. Bu araç, bir hizalamanın yerel bir bilgisayardan Sinema sunucusuna yüklenmesine izin verir. Girdi dosyası bir PIR formatında olmalıdır ve ardından Hizalama Dosyasını Yükle seçeneği aracılığıyla Sinemaya alınabilir.
Yapısal Analiz
Distance matris hizalama sunucusu, üç boyutlu (3B) protein yapılarını karşılaştırmak için bir ağ hizmetidir. Bir sorgu protein yapısının koordinatları gönderildiğinde, Dali bunları Protein Veri Bankasındaki (PDB) koordinatlarla karşılaştırır.
Girdi dosyası PDB formatında olmalıdır ve e-posta ile veya etkileşimli olarak Web’den gönderilebilir. Giriş seçenekleri devre dışı bırakıldı. Sonuçlar kullanıcıya geri postalanır. Olumlu durumlarda, 3 boyutlu yapıların karşılaştırılması, birincil sekanslarda tespit edilemeyen biyolojik olarak ilginç benzerlikleri ortaya çıkarabilir.
Şu anda Protein Veri Bankası’nda (PDB) protein yapılarının ayrıntılı 3B yapı karşılaştırmasına dayalı olarak oluşturulmuş bir Dali veritabanı bulunmaktadır. Sınıflandırma ve hizalamalar, Dali arama motoru kullanılarak sürekli olarak güncellenir.
Makromoleküler Yapı Veritabanı aracı, ligand veya aktif bölge bilgisine dayalı olarak aktif bölge veritabanında arama yapılmasına izin verir. PDB, fonksiyonel bir ailede makromolekülün genel yapısından ve katından daha yüksek oranda korunan ligandlara sahip önemli sayıda protein yapısı içerir.
Aramanın hedefi, yüklenen bir dosyaya dayalı olabilir. Yazara, anahtar kelimelere, deneye, çözüme ve yayın tarihine dayalı kısıtlamalar kullanarak bir aramanın kapsamını sınırlamak mümkündür. Aramanın sonuçları, daha fazla analiz edilebilen veya proteinlerin, nükleik asitlerin ve küçük moleküllerin görselleştirilmesini amaçlayan Rasmol gibi bir yapı görüntüleyicide görüntülenebilen bir PDB ID kodları listesinde sunulur.
öğretmenler için web 2.0 araçları. Web 2 araçları Örnekleri Web 2.0 araçları Web 2.0 araçları Kahoot Web 2.0 araçları nedir Web 2.0 Araçları Uzman Öğretmenlik Web 2.0 araçlarının Eğitimde Kullanımı Web 3.0 araçları